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Bioquímica en la Licenciatura de Medicina (Primer Curso, troncal)

Calendario docente para 2003/04 (documento PDF)

Normas de Exámenes y evaluaciones (documento PDF)

Temario de la asignatura (documento PDF)

Lecturas recomendadas:

DNA y Replicación
RNA, transcripción y regulación de la expresión génica
Mecanismos de señalización intercelular (excepto rutas Tyr-quinasas)
Fisiología Molecular

Transparencias usadas en clase:

HTML (Web)
(on line)
HTML (zip descargable)
(expandir en una carpeta)
Archivo PDF
(requiere Acrobat Reader)

Presentación Impress
(requiere OpenOffice)

Transporte a través de membranas

Replicación y Reparación del DNA

Transcripción 01

Señalización 01

Fisiología general

Mecanismos neurales

Contracción muscular

Transporte a través de membranas

Replicación y Reparación del DNA

Transcripción 01

Señalización 01

Fisiología general

Mecanismos neurales

Contracción muscular

Transporte a través de membranas

Replicación y Reparación del DNA

Transcripción 01

Señalización 01

Fisiología general

Mecanismos neurales

Contracción muscula

Transporte a través de membranas

Replicación y Reparación del DNA

Transcripción 01

Señalización

Fisiología general

Mecanismos neurales

Contracción muscular

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Técnicas Instrumentales Biológicas (Medicina, optativa)

Calendario docente para 2003/04 (documento PDF)

Temario de la asignatura (documento PDF)

Transparencias usadas en clase:

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Show PowerPoint (.pps)
(requiere visor PowerPoint)

Avances tecnológicos

Biomoléculas

Técnicas generales

Técnicas de estudio de proteínas

Técnicas de DNA recombinante

Avances tecnológicos

Biomoléculas

Técnicas generales

Técnicas de estudio de proteínas

Técnicas de DNA recombinante

Avances tecnológicos

Biomoléculas

Técnicas generales

Técnicas de estudio de proteínas

Técnicas de DNA recombinante

Avances tecnológicos

Biomoléculas

Técnicas generales

Técnicas de estudio de proteínas

Técnicas de DNA recombinante

 

 

 

 

Siglas y Abreviaturas de uso en Bioquímica:

Esta es una colección de siglas y arcrónimos de proteínas y otros compuestos, indicando la etimología del nombre, su traducción (si cabe) en castellano y unos breves datos sobre la función de del elemento en cuestión.

Formato PDF
Formato HTML

 

 

 

Programas útiles para la docencia y/o el estudio

Programas de utilidad general:

OpenOffice :

Paquete ofimático libre y de fuente abierta. Incluye procesador de texto, hoja de cálculo, presentaciones con diapositivas, dibujo vectorial y editor de HTML. Es completamente compatible con MS Office, pero más fácil de usar y en ocasiones más potente. Este paquete de programas te permitirá realizar cualquier tarea ofimática que tengas que completar durante tu carrera, y aún después. Se distribuye con licencia GPL de código abierto.

Acrobat Reader:

Programa para leer archivos documentos PDF. Es de código propietario, pero resdistribuible (freeware).

 

PDFCreator:

Utilidad para crear documentos PDF. Instala un controlador de impresora virtual, con lo que podrás crear documentso PDF desde cualquier aplicación que tenga salida por impresora. Se distribuye con licencia GPL de código abierto.

PDF Explorer
Es una utilidad que permite clasificar y ordenar una biblioteca de archivos PDF, utilizando los metadatos del archivo y palabras clave. Puede visualizar un archivo PDF (a través de Adobe Acrobat Reader), y además EXTRAER las imágenes en el contenidas. También puede editar los metadatos de archivos PDF ya creados.

7-Zip

Es un compresor y descompresor de ficheros. Te permitirá abrir los ficheros comprimidos *.zip y muchos otros (trabaja con formatos 7z, ZIP, CAB, RAR, ARJ, GZIP, BZIP2, TAR, CPIO, RPM y DEB). Se distribuye con licencia GPL de código abierto.

 

Programas de de química y estructuras moleculares:

OpenRasmol:

Programa para visualización interactiva en 3D de estructuras moleculares
Licencia GPL de código abierto

 

RasTop:

Es un interfaz gráfico que permite un manejo más intutivo de Rasmol con el ratón, bajo Windows
Licencia GPL de código abierto

 

Mage Mage es un programa para visualizar Kinemages, estructuras didácticas que combinan imágenes, animaciones y una guía de texto.
MDL Chime:

Es un conector (plugin) para el navegador, que permite visualizar en el mismo estructuras 3D, con toda una serie de opciones para rotación, forma de representación, medidad de ándulos y distancias etc. Funciona mejor con Netscape 4.7x que con otros navegadores.
Este plugin es absolutamente necesario para poder visualizar las estructuras disponibles en Biorom y muchos otros cursos y guías didácticas de Bioquímica disponibles en Internet.

 

MDL ISIS/Draw:

Programa de dibujo de estructuras y fórmulas químicas, es simple, con un buen interfaz, una amplia colección de plantillas prediseñadas y buena integración con Windows. Propiedad de MDL Information Systems. Es de licencia gratuita para uso personal y académico, pero no redistribuible. Se le puede añadir un visualizador 3D de ACD/Labs

 

ACD/Labs ChemSketch

Programa de dibujo de estructuras y fórmulas químicas, parecido a Isis Draw. Es más potente en algunos aspectos, pero más complicado en otros. Incluye un módulo para visualización de estructuras 3D. Existe un módulo para escribir macros en ChemBasic.
Propiedad de ACD/Labs. Es de licencia gratuita para uso personal y académico, pero no redistribuible.

 

WinDrawChem

Programa de dibujo de estructuras y fórmulas químicas, con licencia GPL. Código abiero y libremenet distribuible. Tiene un interfaz similar a ISIS/Draw, con plantillas de estructuras predispuestas. Es multiplataforma (Windows y Unix). Se distribuye con licencia GPL de código abierto y libre copia.

WinPLT

Es un programa de dibujo de estructuras químicas 2D para Windows. Tiene una amplia colección de plantillas de alcaloides, antibióticos, antitumorales y otros compuestos orgánicos. Es fundamentalmente un programa de dibujo, aunque también permite presentar espectros y hacer gráficos simples de datos. Es un programa de libre distribución y copia, pero no de código abierto.

 

Programas de visualización y análisis de secuencias (proteínas y ácidos nucleicos):

BioEdit:

Programa para leer, visualizar, analizar y dibujar secuencias (DNA, RNA, también proteínas). Permite alinear secuencias, buscar sitios de restricción, traducir secuencias de DNA a proteína etc. Dibuja diagramas de plásmidos. Permite trazar gráficos de hidrofobicidad de proteínas, representaciones helicoidales y predicción de propiedades físicas. Es un programa de código propietario pero de libre distribución (freeware).

 

GeneDoc Es también una aplicación para el análisis de secuencias como BioEdit, aunque orientado fundamentalmentw a alineamiento y análisis de secuencias de nucleótidos. Tiene integrados accesos a varias bases de datos. Permite Se distribuye con licencia GPL de código abierto.
pDRAW Aunque su nombre sugiere tan sólo su capacidad de dibujar plásmidos (lo que hace muy bien), es una aplicación general de análisis (pero no alineamiento de secuencias). Incluye herramientas para predecir la temperatura de fusión de híbridos y primers. Permite presentar gráficamente los resultados de una separación electroforética de fragmentso de resticcción. Es también freeware ("beerware" según su autor).
AnTheProt: Programa para el análisis de secuencias de proteínas y predicción de sus propiedades (estructura secundaria, plots de hidropatía según variso modeleos, topología transmembrana etc). Permite calcular las propiededes físicas de la proteína, incluyendo la curva de titulación y el punto isoeléctrico pI. Es de libre distribución en la comunidad académica. Los algoritmos que utiliza están bien documentados y con referencias a la literatura científica.

Programas de representación y análisis de datos :

SciGraphica

SciGraphica es una aplicación para el análisis de datos y gráficos científicos. Es muy parecido al programa copercial (y muy caro) Origin, de OriginLabs. Proporciona herramientas plara el ploteado 2D y 3D y gráficos polaresIt fully supplies plotting features for 2D, 3D and polar charts. Su propósito es crear una herramienta potente, fácil de usar y multiplataforma, pero actualmente funciona sólo bajo Linux. Tiene licencia GPL de código abierto.

PrestoPlot

Es una herramienta para crear gráficos 2D y realizar ajustes de datos no-lineares para plataformas Win32 (Windows NT/95/98/00). Está inspirado en la herramienta Grace/xmgr, bien conocida en Unix. Es simple de usar, y bastante potente. Tiene una licencia de libre utilización y redistribución, con fuente abierta. También puede obtenerse de forma fiable desde CCL.NET

 

SalStat

Esta es una aplicación para el análisis estadístico de datos. Permite realizar pruebas paramétricas ( t de Student, F) y no-paramétricas de una (Wilcoxon t, Rank Sums, Mann-Whitney U, Kolmogorov-Smirnov) y dos muestras (Pearsons, Spearmans, Kendalls Tau), así como análisis de la varianza (ANOVA). Está escrito en Python y tiene una interfaz gráfica en wxPython. Es completamente multiplataforma y se distribuye con licencia GPL de código abierto.

 

 

Otros programas usados en la docencia Práctica de estas asignaturas se encuentran en el área reservada para estudiantes de la ULPGC

 

Recursos educativos disponibles en la Web

 

 

Bases de datos

 

 

 

 

 

 

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